Электрондық коммерция орталығының негізгі қызмет бағыттары болып:
- электрондық мемлекеттік сатып алу ақпараттық жүйесінің жұмыс істеуін қамтамасыз ету;;
- қаржылық ақпараттық жүйелер және қорлар бойынша ҚР «электрондық үкімет» инфрақұрылымы жобалық интеграторының қызметтерін орындау;
- қаржылық ақпараттық жүйелер және қорлар бойынша ҚР «электрондық үкіметін» қалыптастыру кезінде жобаларды басқару және техникалық жолдамалау;
- мемлекеттік сатып алу саласында бағдарламалық қамтамасыз ету және ақпараттық жүйелерді әзірлеу, енгізу, жолдамалау;
- мемлекеттік сатып алу процесіне қатысушыларды оқыту, оның ішінде электрондық мемлекеттік сатып алу жүйесіндегі жұмысқа оқыту;
- мемлекеттік сатып алу саласында конференциялар, семинарлар ұйымдастыру;
- электрондық мемлекеттік сатып алу саласында нормативтік құқықтық қорды әзірлеуге қатысу;
- электрондық мемлекеттік сатып алу саласында коммуникациялық техникаларды және есептеуші құралдарды техникалық және жүйелі қызмет көрсету;
- электрондық коммерция саласын зерттеу болып табылады.
- Қазақстан Республикасының Қаржы Министірлігінің ақпараттық жүйелерін сүйемелдеу және орнату.